У сообщения есть текст, а интонацию мы часто достраиваем сами. За точкой могут стоять спешка, привычка или занятые руки.
Я бы оставила короткому ответу несколько возможных объяснений. Если отношения действительно требуют прояснения, вопрос «Мы в порядке?» даст больше, чем вечер расшифровки одного знака.